增值稅專用發(fā)票管理中對于超過90天未認證，以及認證的當月未抵扣的增值稅專用發(fā)票如何處理應加以明確。
現(xiàn)在的增值稅專用發(fā)票管理辦法及后來的補充規(guī)定對于增值稅專用發(fā)票管理中出現(xiàn)的問題都有了比較明確的規(guī)定，但仍有不夠明確或者說規(guī)定不完全的地方。最主要的就是關于購貨方取得的增值稅專用發(fā)票超過90天未到稅務機關進行認證，以及已通過認證的增值稅專用發(fā)票在認證的當月未抵扣進項稅額問題。
目前關于上述問題的規(guī)定是《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人取得防偽稅控系統(tǒng)開具的增值稅專用發(fā)票進項稅額抵扣問題的通知》（國稅發(fā)[2003]17號）
一、增值稅一般納稅人申請抵扣的防偽稅控系統(tǒng)開具的增值稅專用發(fā)票，必須自該專用發(fā)票開具之日起90日內到稅務機關認證，否則不予抵扣進項稅額。
二、增值稅一般納稅人認證通過的防偽稅控系統(tǒng)開具的增值稅專用發(fā)票，應在認證通過的當月按照增值稅有關規(guī)定核算當期進項稅額并申報抵扣，否則不予抵扣進項稅額。
五、增值稅一般納稅人違反本通知第一條、第二條和第四條規(guī)定抵扣進項稅額的，稅務機關按照《中華人民共和國稅收征收管理法》的有關規(guī)定予以處罰。
在修訂后的《增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定》（國稅發(fā)［2006］156號） 及《關于修訂增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定的補充通知》（國稅發(fā)[2007]18號）在相關的規(guī)定中也沒有關于購貨方取得的增值稅專用發(fā)票超過90天未到稅務機關進行認證或在認證的當月未抵扣的問題予以明確。即不能退回開具的企業(yè)，也不能由購買方填報《開具紅字增值稅專用發(fā)票申請單》。實際工作中這兩種情況還是會不時出現(xiàn)，尤其是超過90天未認證的情況比較多，對于這一問題，相關法規(guī)中即無懲罰性的規(guī)定，也無超出認證期限該如何處理的規(guī)定，使對于這一問題的規(guī)定 處于一種真空的狀態(tài)。以至出現(xiàn)這種問題時，稅務機關不知該如何處理，納稅人更是不知如何是好。
多數(shù)的情況下，只能讓納稅人不抵扣進項稅額，而將已過認證期限或抵扣期限的發(fā)票所記載的進項稅額轉入相關的成本的方式進行帳務處理。但使這樣作其實也沒有文件明確的規(guī)定。而且這種情況在實際操作中也很容易產生問題。因為納稅人取得的這類發(fā)票，未經稅務機關認證確認，不能確定發(fā)票的真?zhèn)�。很容易產生虛開發(fā)票的問題。不能抵扣稅額，但按上述的方法，卻還要在所得稅前扣除購進貨物的成本。仍然存在很大的隱患。有可能造成所得稅流失。
而且這一規(guī)定對于稅務機關和納稅人也存在不很嚴密的地方。如果納稅人在超過90天的認證期限后到稅務機關認證，金稅工程系統(tǒng)以無法認證，但系統(tǒng)中并無相應的記載，如果稅務機關的相關人員給這種發(fā)票加蓋了無法認證的印章，在無法驗證的情況下，納稅人仍可以以無法認證的理由到稅務機關開具紅字增值稅專用發(fā)票進行處理。
現(xiàn)在總局正在準備修改發(fā)票管理辦法，應該在新修訂的發(fā)票管理辦法中加以明確。有兩種方法可供參考：如果金稅工程系統(tǒng)中對于企業(yè)的報稅信息的保存期限可以適當延長或本來刪除期限就超過三個月的話，可以考慮對于認證期限給予一個過渡期，對于超過三個月未認證的增值稅專用發(fā)票可以規(guī)定給予一定的處罰。然后可以在半年內給予認證，認證通過后。在相關的處罰執(zhí)行后可準予抵扣。對于超過半年內仍未認證的的增值稅專用發(fā)票明確作廢，即不能抵扣進項稅額，也不得作為費用入賬。如果金稅工程中存儲的信息量過大，可以考慮對于已經比對通過的企業(yè)報稅信息在3個月后刪除。而對于沒有認證信息，未進行比對的已開具的增值稅專用發(fā)票信息保留至六個月。過六個月仍沒有認證信息的則從系統(tǒng)中刪除。如果上述方案無法實行，那就采用第二種方案，就是明確超過90未認證的發(fā)票一律作廢。對于認證當月未抵扣的增值稅專用發(fā)票也要作出明確的規(guī)定。讓稅務機關和納稅人都有章可尋 |
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